La Central es operada por ENGIE Energía Perú S.A.,  en virtud al Contrato de Constitución de Usufructo por 30 años. A partir del 16 de diciembre de 2009, AMSAC es propietaria de la Central Hidroeléctrica Yuncán, y por lo tanto, vela por el cumplimiento del Contrato de Usufructo, tras absorber los pasivos, activos y el patrimonio de la empresa EGECEN.